以下のページのベストアンサーが一番わかり易かったです。
http://okwave.jp/qa/q7225655.html
ちょっと転載します。
string と System.String は型として使われる限り単なる別名なので同じものです。
foo.System.String みたいなものが用意されて foo 名前空間内から使うような場合は異なりますが，特殊例過ぎるのでこれは考えないものとします。
コンパイラは，ソース上の型として string と書かれているものは，System.String とかかれているものとして処理します。
# 正確には "System.String, mscorlib, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" という型 (.NET 4 の場合)
これは，SDK 付属の逆アセンブラでコードを見ると，string を使っても System.String を使っても同じコードになることから確認できます。
同じように，int は System.Int32 の別名ですし，bool は System.Boolean の別名です。
使い分けは，特別決まりはありません。
唯一，メソッド名等に使う場合には言語固有の名称を避ける (CLR の名前を使う)，というのはあります。
MSDN: 一般的な名前付け規則
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms229045.aspx
具体的には，
・ToInt
よりも，
・ToInt32
の方が好ましい，ということです。
# 上側の名前付け規則だと，Visual Basic においては ToInteger であるべき，となる。
私は，static メソッドの呼び出しに使う場合は CLR の名前を使い，それ以外では言語固有の名称を使っています。
書籍によっては，常に CLR の名前を使うべき，という物もあったりします。
# が， for (Int32 i = 0; ……みたいなコードはほとんど見ません。
自分なりの物でいいので，統一したルールを用意しておくのがよいでしょう。
# 常に言語固有の名称でもよいと思います。
そもそも.NET Framework (とMono) は実装言語に依存しないような作りになっている (CLRというやつ?) のでこのような仕組みになっているようです。なるほど。 int, bool, string はC#の型で、 System.Int32, System.Boolean, System.String はCLRの型なわけですな。勉強になりました。
