Q. ATS を Debug ビルドでだけ無効にしたいのですが...

A. こちらの内容に従えば一発です。

http://stackoverflow.com/a/32704702

要するにBuild Phaseにビルドスクリプトを追加してそこでPlistBuddyを使って値を書き換えましょうと言う作戦です。

もうちょっとマシな解説

http://stackoverflow.com/questions/1832157/setting-a-boolean-property-in-info-plist-from-a-user-defined-setting

普段、Info.plistの設定内容をConfiguration毎に書き換えたい場合は、たいていよくやるのがxcconfigファイルを以下のように用意して、

APP_BUNDLE_NAME = MyApp_Dev

でもってInfo.plistに対して

Bundle Display Name = ${APP_BUNDLE_NAME}

こんな風に書いておけばビルド時に自動的にXcodeが環境変数による置換処理を行ってくれる、というのを使うのですが、まいったことにATSの設定を司るNSAllowArbitraryLoadsはString値ではなくBool値でして、このInfo.plistに対するXcodeの環境変数置換処理はString値（と、確かNumber値）にしか使えないというオチがあります。仕方がないので最初に説明した方法が最善になるかと思います。Info.plistファイルをConfiguration毎に用意する方法もありますが、大概そっちのほうが設定のメンテナンスが面倒になるのでオススメしません。

ATS の AVFoundationに対する 例外条項の注意点

2016/10/03段階でのATSを有効にする際の覚書です。基本的には全てTLS 1.2以上をサポートするhttpsにしてしまえばOKですが、例外条項としてAVFoundationのStreamについてはhttpでもよいと例外条項が定められています。

https://developer.apple.com/videos/play/wwdc2016/706/?time=324

これについては設定不要で自動的に適用されるようにWWDCのビデオ上では見えますが、実は落とし穴があり、この例外条項はiOS 10以降でのみしか適用されません。iOS 9については実はAVFoundationのStreamについてATSが完全に適用されているようで、httpの動画をStreamingしようとしても失敗してしまうので注意が必要です。

2016/10/03 16:45 追記
こちらXcode 7.3.1でビルドしたバイナリにて調査した内容ですので、SDKのバージョンが異なるXcode 8.0以降でビルドしたバイナリであればiOS 9.x系でもAVFoundationのStreamについてATSの例外条項が適用されてhttpで通信できるようになるかもしれません。ただ紹介した参照元のWWDCのビデオを見ても分かる通り、基本は例外を考えず全てhttps化するのが良いとされているため、ビデオストリームについても可能であれば全てhttps化するほうがトラブルがないかと思います。