そう
重すぎ
定期的にデータベースをメンテしてあげないととんでもない重さになってしまいます。
具体的には、サーバーと同期しようとしたiPhoneが10分間固まって帰ってこなくなったり
mobileme上に置いてあるデータベースファイルを開こうとしてFinderが固まって帰ってこなくなったり
とにかく、相当な破壊力を持つ代物です。その上公式サイトにも正しいメンテナンスの仕方が書いてありません（一番大事なところが書いてない）。そこでOmniFocusユーザーの方必見（？）、OmniFocusデータベースのメンテナンス方法をまとめてみました。
参考にしたページは以下の通り。
http://forums.omnigroup.com/showthread.php?t=14631&highlight=compact
http://forums.omnigroup.com/showpost.php?p=70253&postcount=3
■予備知識：OmniFocusのデータベースの構造
OmniFocus.ofocusというファイルがOmniFocusのデータベースファイルです。その正体はMac Bundle（わかりやすく言えば単なるディレクトリ）で、中に以下のような形式でZIPファイルが入っています。
0000000000-日付.zip ランダムな文字列-日付.zip ランダムな文字列-日付.zip ランダムな文字列-日付.zip 以下たくさん・・・このZIPファイルを解凍するとcontent.xmlというXMLファイルになります。このcontent.xmlの集合がOmniFocusデータベースの基本構造になります。
content.xmlには「一番最初のデータベースの状態」か「前回保存時からのデータベース操作内容」が記載されています。要するに先ほどのZIPファイルの集合には以下のようにデータが格納されています。
このデータベースにはタスクが10個入ってるよ - 2009/11/10.zip タスクBを完了したよ - 2009/11/10.zip タスクXYZを新規作成したよ - 2009/11/10.zip タスクDを削除したよ、あとコンテキストXXXを作成したよ - 2009/11/12.zipこれらのZIPファイルが自動的に削除されることはありません。要するにこのままではデータベースの領域が増える一方なわけです。これが重さの原因です。
■公式で推奨されている方法：定期的に"Move Old Data to Archive"を実行する
実はこれ全然役に立ちません。
なぜか？
このコマンドを実行すると何が行われるかって、先ほどのデータベースに
タスクAとBとCはArchiveしたからもう二度と表示しなくていいよ.zipこれが追加されるだけなんです。
・・・え、かえってデータベースのサイズ増えてね？
■本当に有効な方法：定期的に"Compact DataBase"を実行する
で、こっちが本命です。このコマンドを実行すると、操作内容を格納しているZIPファイルをすべて削除して、一つの新しい「現在の状態を表すZIPファイル」だけが存在するデータベースを作り直してくれます。効果は劇的で、たとえば私の場合は11.5MBあったデータベースファイルのサイズが25KBになりました。
問題はこのコマンド、実は「同期設定を行っている最中は実行できません」。この辺マニュアルや公式FAQに書いてなくて困りました。
ということで、いったん環境設定からiPhone等との同期を「OFF」にしてから再度"Compact DataBase"を実行すると良いです。
■対策3：余計なバックアップを作成しない
初期設定ではクライアントが終了するたびにデータベースのバックアップを取るようになっていますが、これを放置しているととんでもない量のバックアップファイルが作成されてしまうので、設定を適当に変更しておくと良いと思います。